Где-то в это же время на горизонте нарисовался Рик Рубин, спровоцировавший окончательный переход Beastie Boys от хардкора к хип-хопу. Шелленбак не понравилась смена курса (кроме того, ее смущал гигантский надувной пенис, появлявшийся на сцене), и она перебралась в проект "Luscious Jackson".
Оставшаяся троица обзавелась кличками (Mike D, MCA, Ad-Rock) и вскоре после этого на рубинском лейбле "Def Jam" выпустила сингл "Rock Hard", в котором использовала сэмплы из песни "AC/DC" "Back In Black". Первые полноценные гастроли "Beastie Boys" провели на разогреве у Мадонны в ее североамериканском туре "Virgin", однако из-за того, что музыканты постоянно задирали публику, отзывы на их выступления зачастую оказывались негативными. Далее последовал "Raising Hell Tour" в компании с Run DMC и подобными артистами, и, наконец, осенью 1986-го группа выпустила свой дебютный лонгплей.
"Licensed To Ill", в котором смешались уличный бит, метал-риффы и юмор плохих парней, стал первым рэп-альбомом, занявшим в "Billboard" высшую позицию, на которой он продержался пять недель. Помимо масштабных продаж первенец группы был примечателен тем, что на нем погостил гитарист "Slayer" Керри Кинг. Масштабный тур в поддержку альбома, отмеченного рецензиями типа "три идиота сделали шедевр", сопровождался множеством скандалов и постоянными конфликтами с законом, но это лишь подогревало интерес к "Beastie Boys". В 1988-м парни разругались с Риком Рубином (продюсер хотел единолично пожинать лавры успеха группы и грозился выпустить ауттэйки с прошлых сессий как второй альбом) и сбежали от него на "Capitol Records". Первой полнометражкой на новом месте стала пластинка "Paul's Boutique". Работа заметно отличалась от "Licensed To Ill", и в ней среди обилия сэмплов можно было найти ретро-фанк-психоделию. Журнал "Rolling Stone" сравнил этот релиз в мире рэпа с "Pet Sounds" и "Dark Side Of The Moon" в роке, однако в продажах "Boutique" сильно уступал первенцу, да и лид-сингл "Hey Ladies" занял всего лишь 36-ю строчку (в то время как "Fight For Your Right" побывал в горячей десятке).
На записанном самостоятельно альбоме "Check Your Head" группа пошла еще дальше и в хип-хоповые ритмы замесила фанк, джаз и хардкор. Породивший порцию хитов для студенческих и альтернативных радиостанций ("Jimmy James", "Pass The Mic", "So Whatcha Want" и т.д.), диск отметился в горячей десятке "Billboard" и собрал двойную платину. В 1994 году "Beastie Boys" вернули себе пальму первенства с весьма эклектичной программой "Ill Communication", а также опубликовали сборник ранних хардкоровых вещей "Some Old Bullshit". Чуть позже команда вновь отдала дань своим панковским корням, выбросив на рынок миньон "Aglio E Olio".
В том же 1994-м коллектив вместе со "Smashing Pumpkins" возглавил тур "Lollapalooza", а в 1996-м неожиданно для всех выпустил коллекцию соул-джаз-фанковых инструменталов "The In Sound From Way Out!". К своему излюбленному хип-хопу с различными примесями "Beastie Boys" вернулись в 1998-м с альбомным чарттопером "Hello Nasty", отхватив за него парочку "Грэмми". Ожидание следующего студийника растянулось на целых шесть лет и было компенсировано выпуском двухдискового сборника "The Sounds Of Science". Столь долгое молчание объяснялось политической активностью членов команды и ведением дел на собственном лейбле "Grand Royal". Самоспродюсированный и замешанный на олдскульном хип-хопе "To The 5 Boroughs" стал очередным чарттоппером "Beasties" и принес троице очередную платину. Во второй половине нулевых команда решила еще разок поработать в чисто инструментальном формате, но в отличие от "The In Sound From Way Out!" диск "The Mix-Up" представлял собой не коллекцию ауттэйков, а специально подготовленный новый материал.
В 2009-м группа объявила о возвращении на рэп-территорию с альбомом "Hot Sauce Committee, Pt. 1", однако из-за болезни Йока (у него обнаружили рак) релиз так и не состоялся. Когда музыкант прошел курс химиотерапии, сессии возобновились, и большинство заготовок было выпущено на диске "Hot Sauce Committee Part Two". Вскоре заслуги команды были отмечены ее введением в "Зал Славы Рок-н-Ролла", однако Адам не смог присутствовать на церемонии по состоянию здоровья. К сожалению, проведенное лечение помогло ему лишь временно, и в мае 2012-го MCA скончался. На следующий год его соратники занялись подготовкой автобиографии группы, но чуть позже Даймонд и Хоровиц высказались, что больше не будут выступать под маркой "Beastie Boys".